غالبا ما توفر العدوى الطبيعية المزيد من المناعة الاكثر جدوى من سلسلة اللقاحات، إلا أن هناك ثمنا تدفعه للمناعة الطبيعية. على سبيل المثال، يمكن أن تؤدي عدوى الجديري المائي (الحماق) إلى الإصابة بالالتهاب الرئوي، وقد تتسبب عدوى شلل الأطفال الطبيعية في الإصابة بشلل دائم، وقد تؤدي عدوى النكاف الطبيعية إلى الإصابة بالصمم، وقد ينجم عن عدوى بكتيريا النزلة الترفية من النوع باء الطبيعية الإصابة بتلف الدماغ الدائم. لذلك يمكن أن يساعد اللقاح في الوقاية من هذه الأمراض ومضاعفاتها الخطيرة المحتملة.