يسعى مركز المعلومات ودعم القرار لمجلس الوزراء إلى إعادة هيكلة الموظفين، في إطار حملة تطهير ينتهجها، بغية التخلص من أعضاء جماعة "الإخوان المسلمين" في المراكز الحساسة، ونقلهم إلى وظائف إدارية، أقل خطورة على أمن مصر القومي. وأكّد رئيس مركز معلومات ودعم القرار لمجلس الوزراء الدكتور شريف محرم أنَّ ياسر علي، الذي تولى رئاسة المركز في عهد الرئيس المعزول محمد مرسي، كان يستقطب بعض الموظفين لعرض تقارير المركز عليه وحده، مشيرًا إلى أنَّ علي كان يعد تقاريرًا خاصة مناسبة لما يريد الرئيس السابق أن يكون الوضع عليه. وأوضح محرم أنَّ "هدف الإخوان تمثّل في محاولة ضم جزء من جهاز الاتصالات، ووزارة التنمية الإدارية، والجهاز القومي للتعبئة والإحصاء، إلى المركز، حتى يكون هناك جهاز قومي يتبع رئيس الجمهورية، ووافق وقتها رئيس الجمهورية، وكلّف رئيس الوزارء السابق الدكتور هشام قنديل لتنفيذ هذا المشروع، الذي لم يكتمل". وأشار محرم إلى أنَّ "هناك إجراءات مشدّدة يتمّ اتباعها مع المواظفين المنتمين إلى جماعة الإخوان، حيث تمّ اكتشاف انتمائهم، ويتمّ نقلهم إلى أماكن غير حساسة، أو نقلهم نهائيًا"، لافتًا إلى أنَّ "منهج مركز المعلومات هو الإصلاح وليس فتح ملفات الماضي، وهناك تعاون كبير بين الأمن الوطني والرقابة الإدارية، بغية الكشف عن هؤلاء".