انتقد "ائتلاف أقباط مصر"، عقد لجنة الخمسين المنوط بها إصدار الدستور المصري الجديد، جلسات سريّة داخل أروقة مجلس الشورى. وأفاد الائتلاف، أن أنشطة اللجنة قاربت على اكتمال المسوّدة النهائية للدستور، وهذا ما يُشكل خطرًا حقيقيًا على الشعب المصري، حيث تتطابق الكثير من مواده مع دستور 2012، الذي تم رفضه شعبيًا، وتم تمريره قسرًا، وقت الدولة (الإخوانية) المنقضية". وجاء رفض الائتلاف لعمل لجنة الخمسين، بناءًا على مقابلة جمعت ممثلين من منظمات المجتمع المدني، منها الحقوقي والقبطي، مع لجنة صياغة الدستور وأعضاء في لجنة الخمسين في مجلس الشورى، حيث مثّل "ائتلاف أقباط مصر" في تلك المقابلة مؤسسه فادي يوسف، وكانت النتائج مُحبطة لجميع الحضور، وخصوصًا أثناء مناقشة باب الحقوق والحريات، وجاءت بعد ذلك أزمة المادة 219، والتي طرحت مرة أخرى بشكلها أو بتفسير لها بموافقة من الأزهر والسلفيين، وتهميش مُمثل الكنيسة، على الرغم من وعود لجنة الخمسين في اجتماع الائتلاف معهم، بإلغاء تلك المادة من الدستور، لأنها تُكرّس للدولة الدينية، وتُهمّش الشريك الآخر في الوطن، وهذا ما يرفضه المجتمع، وأعضاء اللجنة كافة. وحذر "ائتلاف أقباط مصر"، من تمرير المادة 219 أو تمرير تفسيرها، الذي يعتبره الائتلاف "هو جوهر تلك المادة، لأن الأقباط لن يُصوّتوا عليها، وسيُرفض الدستور، وبالتبعية ستتعثر خارطة المسقبل المصري، ونرجع جميعًا إلى نقطة الصفر، وهذا ما لا يتمناه الأقباط الذين شاركوا في ثورة 30 حزيران/يونيو مع إخوانهم المسلمين، حتى تم إسقاط حكم (الإخوان)، وإعلان الدولة المصرية المدنية، ويطمأن قلب الائتلاف إلى وطنية الكنيسة القبطية المصرية/ وممثليها في لجنة الخمسين، بعدم قبول تلك المواد التي ترجع بمصر إلى الخلف، وتمسح هويتها المصرية الأصيلة، وتُهمّش بل وتلغي وجود العقائد الأخرى في المجتمع المصري، وتعلم الكنيسة وقيادتها علم اليقين أن ليس الأقباط فقط بل مختلف طوائف الشعب  المعتدل سيوافق بـ(نعم) على الدستور الجديد، إذا كان يُمثل فعلاً أطياف الشعب كافة، ويُرسّخ معاني وأسس المواطنة الكاملة والمساواة بين المواطنين جميعهم، وأن يُعبّر عن دولة مصر المدنية وليس الدينية".