رفض المركز المصري للدراسات الإنمائية وحقوق الإنسان، الطريقة التي يتم التعامل معها من قِبَل النظام الحاكم مع الأحداث الأخيرة التي وقعت في مصر وارتبطت باعتداءات على الأقباط. وقال المركز في بيان أصدره الخميس "إنه لا فرق بين أحداث كنيسة القديسين وأحداث الكاتدرائية رغم بشاعة أحداث القديسين، لكنها تُشْبِه تطور الأحداث ومسلسل الاهتمام المجتمعي والمكلمة و"الغباء" الرئاسي في التعامل مع الأحداث، مؤكداً أن نهاية التحقيق ستكون مشابهة للحلقة المفرغة التي يعيش فيها المصريون في التعامل مع أحداث القديسين حتى الآن. وأضاف "في أحداث القديسين وجدنا قيادات تنفي الاعتداء وتتهم الكنيسة بتدبيره والآن نجد الأمر نفسه، هناك قيادات رئاسية وقيادة في جريدة تصدر عن حزب ديني تؤكد أن الكاتدرائية لم يعتدى عليها، بل الأدهى من ذلك تلمح بأن الأقباط هم من استأجر القتيل وقاموا بقتله ليُدفن سره معه". ودان مدير المركز ومحامي الكنيسة جوزيف ملاك، هذه الأحداث التي وقعت والاعتداء على الكنيسة، معتبراً أنها خطة ممنهجة أراد البعض تنفيذها لتحقيق أغراض سياسية، ما يعد دليلاً دامغاً وواضحاً أن اضطهاد الأقباط المُعلَن أصبح وشيكاً، على حد قوله. وحمّل ملاك، مسؤولية ما حدث لرئيس الدولة والحكومة ومجلس الشورى، واصفاً ما حدث بأنه فشل في حماية المواطنين ودور العبادة وبخاصة حساسية الوضع، إذ تُعد الكاتدرائية هي مقر البابا الجالس على الكرسي وتسمى كاتدرائية الأقباط الأرثوذكسي في مصر ودول العالم فهي رمز يشبه الفاتيكان.    وطالب باستقالة الحكومة وبخاصة وزير الداخلية اللواء محمد إبراهيم وتقديمه للمحاكمة العاجلة لفشله، وسياسياً محاسبة رئيس الدولة لفشله في حماية شعبه، مؤكداً ضرورة اتخاذ موقف قوي من نواب الشورى المعينين الأقباط، وتقديم استقالتهم جماعياً احتجاجاً على الأحداث.