أثارت تصريحات وزير الداخلية اللواء محمد إبراهيم، التي أكد فيه عدم السماح بعودة الضباط الملتحين إلى عملهم حتى لو اقتضى الأمر حبسه، استياء العديد من الحركات والتيارات الإسلامية.وقال المتحدث باسم التيار الإسلامي العام، الدكتور حسام أبو البخاري، "إن وزير داخلية محمد مرسي يتحدى سنة النبي أمام الملايين، ويعلن عن عدم سماحه بعودة الضباط الملتحين ويقول لن أسمح بعودة الضباط بلحاهم حتى  لو حبسوني، وأتساءل أي مشروع إسلامي هذا الذى يتبناه (الإخوان المسلمين)؟ أين تجلياته أو تطبيقاته؟"، مضيفًا أن الرئيس مرسي جاء على خلفية تبنيه للمشروع الإسلامي، وأن مؤتمراته الانتخابية كانت تتحدث عن الصرف الصحي الإسلامى، ثم يترك وزير داخليته يقول: لو حبسوني لن أسمح بعودة الضباط الملتحين، دولة رئيسها ملتح، ورئيس وزرائها ملتح، ثم يخرج وزير داخليتها يتحدى دخول ضباط ملتحين وزارته، أي كوميديا سوداء نراها، إن الأمر الآن غير متعلق بإمكان تنفيذ الحكم القضائي، بل متعلق بتحدي الوزير للسنة وللقانون". وعلق الكاتب الإسلامي، حسام عبدالعزيز، قائلاً "إن وزير الداخلية يتعهد بمنع الضباط الملتحين من دخول الوزارة رغم الأحكام القضائية التي حصلوا عليها، فعندما يرى قيادي في جماعة (الإخوان المسلمين) والتي منها رئيس الجمهورية، أن اللحية قضية هامشية، فماذا تنتظر؟ وعندما يقول وزير الداخلية إنه لا يأخذ تعليمات إلا من رئيس الحكومة ورئيس الجمهورية فماذا تنتظر منه؟ هل تطلب أن يُقدّر علماني إحدى سنن النبي؟ وبعض الإسلاميين يرونها قضية هامشية فلأنهم يعتزون بباطلهم، ويرفضون تطبيق قانون وضعي يحترمونه، طالما جاء هذا القانون بلحية لا يحترمونها، ومنا من يخجل من أمر رسول الله مخترعًا المعاذير تحت مُسمى التدرج والمصالح والمفاسد، بل الإنسان على نفسه بصيرة ولو ألقى معاذيره". وتساءل حسام: أين الرئيس الملتحب؟ أين المبرر السياسي ذو اللحية الكثة؟ وامرسااااااااه، أين الشيخ الملتحي الذي خصص برنامجه الفضائي للرد على من يتهمون الرئيس بالعلمانية؟ هل هؤلاء الفساق الذين تثق في صدقهم يا فضيلة الشيخ هم الذين سيحموننا من الشيعة؟ إن العدو العلماني يريد الإيقاع بيننا وبينهم، هل لا تزال تصدقهم؟ أين الحزب الذي يؤكد تغير ثقافة أمن الدولة؟". ووجه الشيخ أبو اسحاق الحويني نصيحة إلى الضباط الملتحين قائلاً، "أنتم الطليعة الأولى ولو فرطتم لذهبت القضية، واعلموا أنه لا يضيع حق وراءه مطالب، فاستعينوا بالله واصبروا"، فيما أشار القيادي السلفي الدكتور أحمد فريد، إلى أن تطبيق الشريعة التي أكد الرئيس وجماعة (الإخوان) عليها، وشعارهم الإسلام هو الحل، والرسول قدوتنا، يقتضي تسليم الضباط عملهم، لأنهم يحرصون على التمسك بتطبيق سنة الرسول صلى الله عليه وسلم". وقال عضو الجمعية التأسيسية للدستور، الشيخ محمد سعد الأزهري، "اسال الله العظيم أن يجعل هذا الوزير عبرة لكل من يعتبر، فهناك فرق بين المنع لمصالح ومفاسد، وبين المبالغة في المنع، لدرجة أنه على استعداد أن يصدر حكم بحبسه ولا ينفذ عودتهم إلى عملهم فهذا من الفجر الذي تعودت عليه الشرطة". واعتبرت صفحة "ألتراس الشيخ حازم صلاح أبو اسماعيل"، أن "التحدي السافر من وزير الداخلية في قضية الضباط الملتحين يتطلب وقفة صارمة من العلماء والدعاة والأحزاب الإسلامية وكل شريف"، مضيفة "إن لم تكن لرئيس الجمهورية ووزرائه الملتحين وقفة، فهذا دليل على أن الإدارة السياسية هي التي تمنع الضباط الملتحين وما الوزير إلا منفذ، وأن تلك الإدارة التي صدعوا بها الرؤوس أيام الانتخابات، لانتخاب الدكتور مرسي".