نشبت بوادر أزمة بين مجلس إدارة جمعية "جنود المسيح القبطي" وبين مطرانية المنيا للأقباط الأرثوذكس، بسبب النزاع على ملكية قطعة أرض في مدينة المنيا، حيث أبدت مطرانية المنيا رغبتها في إنشاء مستشفى على هذه الأرض لخدمة المواطنين، بينما اعترض مجلس إدارة الجمعية بدعوى أن هذه الأرض مقام عليها ملجأ للبنين، ولكنه احترق عقب فض اعتصامي رابعة والنهضة في آب/أغسطس 2013.
 
وأصدرت مطرانية المنيا للأقباط الأرثوذكس بيانًا حول تحويل ملجأ للأطفال اليتامى إلى مستشفى طبي يحمل اسم مجمع أمين بك إبراهيم الطبي، على مساحة ألف و250 مترًا في مدينة المنيا استجابة لرغبة صاحب الوقف، والذي طالب بتحويل منزله إلى مستشفى أو ملجأ لخدمة المواطنين حسبما يراه الناظر على الوقف.
 
وأكدت المطرانية في بيانها، أن تنفيذ وتحقيق رغبات صاحب الوقف حق أصيل لهيئة الأوقاف القبطية، وليس لأي جهة أخرى الحق في التحدث باسم الوقف أو صاحبه.
 
وأرسل رئيس مجلس إدارة جمعية جنود المسيح القبطية ومجلس الإدارة وصفى عزيز، استغاثة إلى الرئيس عبد الفتاح السيسي، قال فيها، "نتقدم نحن أعضاء مجلس إدارة جمعية جنود المسيح القبطية المشهرة تحت 402 لعام 1966 باستغاثة عاجلة إلى فخامتكم من قيام لجنة الأوقاف بمطرانية المنيا حاليا بالاستيلاء على أرض ملجأ الأيتام التابع للجمعية وتغير نشاطه إلى مستشفى يدار لصالح المطرانية".