فَتَحَت الجامعة المصرية اليابانية للعلوم والتكنولوجيا باب الترشح لمنصب رئيس الجامعة بعد أن تقدم رئيس الجامعة الدكتور أحمد بهاء الدين خيري، باستقالته لرئيس مجلس الأمناء الدكتور يسري الجمل، مكتفيًا بهذا القدر من العمل والجهد لبناء الجامعة، وأن يترك الساحة لقيادة جديدة لكي تحمل لواء استكمال المسيرة، بعد أن قدم جهودًا مضنية في خدمة هذا المشروع منذ إنشائه في 2007 وحتى الآن. وتمّ فتح باب التقدم لمنصب الرئيس الجديد والبدء في إجراءات اختيار أفضل المتقدمين المستوفيين لشروط هذا المنصب أكاديميًا وعلميًا وإداريًا من خلال مجلس أمناء الجامعة، لتنتهى قبل بداية العام المالي 2014-2015. وطبقًا للوائح مجلس أمناء الجامعة تولَّى النائب الأول لرئيس الجامعة الدكتور أحمد أبو إسماعيل مهامّ رئيس الجامعة بصفة موقَّتة لحين تعيين الرئيس الجديد للجامعة.