أقر قانون الجامعات الخاصة والأهلية لعام 2018، بإنشاء مجلس للجامعات الخاصة وآخر للجامعات الأهلية بوزارة التعليم العالي والبحث العلمي، على أن يتولي كل منهما في حدود إختصاصاته المنصوص عليها بهذا القانون، شؤون الجامعات الأعضاء به، ورسم السياسة العامة للتعليم الجامعي والبحث العلمي بالجامعات والعمل على تنسيقها مع مؤسسات التعليم العالي الأخرى.
 
ويختص هذا المجلس بمتابعة وتطوير وضمان جودة العملية التعليمية، ويشكل كل مجلس برئاسة الوزير المختص وعضوية كل من رؤساء الجامعات الخاصة أو الأهلية بحسب الأحوال وأمين المجلس الأعلى للجامعات ومستشاري الوزير في الجامعات، وأربعة من رؤساء مجالس أمناء الجامعات، يتناوبون العضوية فيما بينهم دورياً كل سنة بحسب أقدمية إنشاء الجامعة واثنين من الشخصيات العامة يختارهم الوزير المختص ذوي الخبرة في مجال التعليم الجامعي.
 
كما يعين الوزير المختص أميناً عاماً واحداً للمجلسين، لمدة عامين قابلة للتجديد ويكون الأمين العام عضواً بالمجلسين، على أن يجتمع كل مجلس على حده، بدعوة من رئيسه مرة على الأقل كل 3 شهور، وتكون إجتماعاته صحيحة بحضور أغلبية الأعضاء، وينوب عن رئيس المجلس حال غيابه من يفوضه، وتصدر قرارات المجلس بأغلبية الحاضرين وإذا تساوت الأصوات يرجح الجانب الذي منه الرئيس.
 
كما نص القانون، أن لكل مجلس تشكيل لجنة دائمة تعينه في أداء عمله وممارسة إختصاصاته، وتبين اللائحة التنفيذية للقانون كيفية تشكيل اللجنة ويجوز لرئيس المجلس المختص بعد العرض على المجلس أن يشكل لجاناً خاصة أو مؤقتة لمباشرة عمل معين يحدده قرار تشكيلها.
 
ويكون للمجلسين "الخاصة والأهلية"، أمانة عامة واحدة تعتبر جزء من الهيكل الإداري لوزارة التعليم العالي، برئاسة الأمين العام تتولى معاونة المجلسين في مباشرة أعمالهما، وإبلاغ قرارتهما، وكذلك التوصيات والمقترحات إلى الجهات المختصة، على أن تحدد اللائحة التنفيذية لهذا القانون سائر الإختصاصات الأخرى.