انتقد عددٌ من القوى السياسية والحزبية في أسيوط، تجاهل رئيس جامعة أسيوط إيقاف عدد من قيادات "جماعة الإخوان المسلمين" الصادر ضدهم أحكامًا قضائية، رغم إصداره قرار بإيقاف 8 من أعضاء هيئة التدريس عن العمل بقوة القانون لإنتمائهم إلى الجماعة المحظورة، لاتهمامهم في قضايا عدة، منها؛ التحريض على العنف، وتجديد حبسهم احتياطيًّا". وجاء في الانتقادات، أن "عدد من قيادات الجماعة لم يحدد رئيس الجامعة موقفه منها رغم صدور أحكام قضائية بشأنها، وهي، الدكتور علي عزالدين، أستاذ الرمد في كلية الطب، وأمين حزب "الحرية والعدالة"، والمحكوم عليه بالسجن عشرة سنوات في قضايا تعذيب الناشط، محمد سيد، وكذلك الدكتور محمود حسين، أستاذ في قسم الهندسة المدنية، والذي يشغل منصب أمين عام جماعة "الإخوان المسلمين"، والدكتور علي عبدالرحيم، أستاذ في قسم الهندسة المدنية، ويشغل منصب أمين عام نقابة المهندسين". وأضاف أمين الحزب "المصري الاجتماعي"، في الجنوب، هلال عبدالحميد، أن "تصريحات رئيس الجامعة باتخاذ قرارات ضد المتورطين في أعمال عنف والمتغيبين عن الجامعة خطوة جيدة، ولكن للأسف لم نعرف أسباب تجاهل رئيس الجامعة في تصريحاته للمواقع الالكترونية موقف الجامعة من قيادات لها تأثير كبير على جماعة "الإخوان"، ومن بينهم أمين الحزب  في المحافظة، والصادر ضده غيابيًّا حكم بعشر سنوات لتورطه في تعذيب نشطاء سياسيين وغيرهم". ونشرت بعض المواقع الإخبارية قيام  رئيس جامعة أسيوط بإصدار قرار بتاريخ 4 تشرين الثاني/نوفمبر الجاري برقم 2484، بوقف الأعضاء محمد عصام الدين محمد علي، الأستاذ في قسم الأمراض الجلدية والتناسلية في كلية الطب، والدكتور محمد سيد عبدالله، الأستاذ المساعد في قسم أمراض النساء والتوليد، والدكتور محمد عزام عبدالرازق، الأستاذ في قسم جراحة الأنف والأذن والحنجرة، والدكتور محمد رمضان عبدالحميد، المدرس في قسم الأمراض الباطنة، والدكتور أحمد إمام عبدالغني، المدرس في قسم أشعة الأورام التشخيصية في معهد جنوب مصر للأورام، والدكتور محمد شاكر عبدالعال، الأستاذ المتفرغ في قسم جراحة الأنف والأذن والحنجرة. كما أصدر القرار رقم 2528 بتاريخ 7 تشرين الثاني/نوفمبر الجاري بوقف الدكتور محمد صابر محمد سيد، المدرس في قسم الجيولوجيا في كلية العلوم، والدكتور محمد حسام عبدالحفيظ، الأستاذ في قسم الفيزياء في كلية العلوم، وجاءت تلك القرارات بعد الاطلاع على قانون نظام العاملين المدنيين في الدولة ولائحته التنفيذية، وبعد ورود شهادة من نيابات  جنوب وشمال أسيوط في تشرني الأول/أكتوبر الماضي، بحبس المذكورين احتياطيًّا واستحقاقهم للتجديد.