كشف  رئيس قطاع المعاهد الأزهرية الشيخ جعفر عبد الله علي، والوفد المرافق له في محافظة سوهاج  مخالفات جسيمة في بعض معاهد المحافظة في أول أيام زيارته لها. وجاء في مقدمة  المخالفات التي كشفها رئيس القطاع  وجود الكتب الخارجية مع المعلمين والطلاب،  فشدَّد على أنَّ الامتحانات تأتي من كتاب الوزارة وليس من الكتاب الخارجي؛ لأنَّ كثيرًا من الكتب الخارجية مليئة بالأخطاء وكثير من جزئياتها خارج المنهج. كما جاء ضمن المخالفات ملف الاستعاضة والذي يتمثل في مَن تم التعاقد معهم عن طريق مكافأة شاملة، ويقترب عددهم من خمسمائة موظف في مختلف التخصصات، والتي يشوبها الفساد والمخالفات القانونية، وتعهد بمجازاة المتسببين فيها ومجازاتهم حسب اللوائح والقوانين. كما استوقف رئيس القطاع عدد الوكلاء في معهد فتيات سوهاج والذي يصل إلى 78 وكيلة، فبعضهن بلا جدول وأخريات يعملن بجدول مخفف في حين ترد شكاوى من العجز في مختلف التخصصات، وقد تكرر الأمر في  خمسة معاهد في المحافظة. ومن المخالفات التي لفتت نظر الشيخ جعفر عبد الله علي أيضًا  أنَّ السادة الموجهين بالمنطقة لا يتواجدون بصفة دائمة في المعاهد، ومعروفٌ أن قطاع المعاهد الأزهرية طالَب بوجود الموجِّه في المعهد طوال اليوم الدراسي، إلا أنَّ الموجهين لا يأبهون لذلك، وقد أحال فضيلة الشيخ جعفر كل مَن تقاعس عن أداء عمله إلى التحقيق